יש להזהר בימי ספירת העומר שלא לומר את יום הספירה, שאם כן לא יוכל לאחר מכן לספור בברכה.
ויש לדון למי שספר בלבו את יום הספירה, האם נחשב שספר ולא יוכל יותר לספור בברכה? בבאור הלכה (סימן תפט ס"א ד"ה מונה והולך) כתב שמי שספר ספירת העומר בלבו, בודאי לא יצא ידי חובת מצות הספירה, שהרי הרהור לאו כדיבור דמי [ואף לדעת הגר"א שצריך לברך ברכת התורה על הרהור בדברי תורה, כתב בביה"ל לעיל (סי' מז ס"ד ד"ה המהרהר) שאין זה משום שהרהור כדיבור, אלא משום שגם הרהור בדברי תורה הוא מצוה, וכלשון הפסוק "והגית בו יומם ולילה"].
נדון מעניין יש בפוסקים במי שספר ספירת העומר על ידי כתיבה, ונפק"מ עצומה למי שכתב מכתב בימי הספירה ובראש המכתב ציין ליום הספירה, האם יצא ידי חובה בזה ולא יוכל לספור אח"כ בברכה?
המשנה ברורה כתב (סי' מז ס"ק ד) לענין ברכת התורה על כתיבת דברי תורה, שיש הסוברים [היא דעת השו"ע שם (ס"ג)] שכתיבה היא כדיבור כיון שיש בה מעשה, ויש הסוברים שהיא כהרהור, וסיים שם, שלמעשה יש להחמיר שכתיבה אינה אלא כהרהור. וכתב הערוך השלחן (כאן, ס"ט) בשם השערי תשובה (כאן, ס"ק א), שאפילו הסוברים שכתיבה היא כדיבור אין זה אלא במקום שמטרת הכתיבה היא לגלות מחשבת הלב, אבל במקום שהמצוה היא הדיבור כגון קריאת שמע או תפילה אין הכתיבה אלא כהרהור.
ומשום כך הסופר ספירת העומר בכתיבה לא יצא כלל גם אם כיוון לשם מצוה, וחוזר וסופר בברכה [וראה בשו"ת רעק"א (מהדו"ק סי' ל-לב) שמשמע לא כן].
ומעשה היה (בירור הלכה תנינא או"ח סי' תפט עמ' רלח) שהגרי"י קניבסקי היה צריך לכתוב מכתב בימי הספירה, וכיון שהיתה דרכו לכתוב במכתב את יום הספירה, הקדים וספר ספירת העומר בברכה.